負壓稱量罩（室）的工作原理是通過在室內建立一個低于外界大氣壓的壓力環境，使得室內的空氣不會自然流向外部，行成一種負壓環境，這種設計有效地防止了室內污染物外泄，并降低不同藥品之間交叉污染的風險。進而保證了室內的潔凈度和安全性。
負壓稱量罩室采用的是垂直單向流的氣流形式，氣流方向是垂直向下的。部分潔凈空氣在工作區循環，部分排出至附近區域，使工作區產生負壓環境。
負壓稱量罩進風先要經歷初效過濾器和中效過濾器的預先過濾，濾去氣流中顯而易見的大顆粒粉塵粒子，初步凈化空氣以起到保護風機和高效過濾器的作用。經過這一系列預處理后的空氣再通過高效過濾器，經過三級過濾后的過濾效果得到了極大的增強。
這種設備的氣流是自循環的，負壓稱量罩室的運行和停止都不會對房間壓差產生影響。氣流確認檢測系統確保了設備內的氣流不會流向設備外部，進一步增強了負壓稱量罩室的工作效果。